常見問答
1.依據109年11月2日修訂之「公司或有限合夥事業研究與發展支出適用投資抵減辦法」(以下簡稱研發投抵辦法)第13條規定，研發投資抵減費用是不包括政府補助款及研究發展單位產生之收入在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。
2.「A+企業創新研發淬鍊計畫—前瞻技術研發計畫」所規範之經費科目編列標準及查核原則，與前述研發投抵辦法各條所規範之科目及認列規定不盡相同。例如「A+企業創新研發淬鍊計畫—前瞻技術研發計畫」核定的人員薪資，所包含之研發人員並不限於研發部門專職人員，但研發投資抵減費用要求必須為專職研發人員，兩者之規定不盡相同。
3.公司申請研發費用投資抵減時，請依109年11月2日修正公布之研發投抵辦法第14條「公司或有限合夥事業從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目相關文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第2條至第4條規定。
2.「A+企業創新研發淬鍊計畫—前瞻技術研發計畫」所規範之經費科目編列標準及查核原則，與前述研發投抵辦法各條所規範之科目及認列規定不盡相同。例如「A+企業創新研發淬鍊計畫—前瞻技術研發計畫」核定的人員薪資，所包含之研發人員並不限於研發部門專職人員，但研發投資抵減費用要求必須為專職研發人員，兩者之規定不盡相同。
3.公司申請研發費用投資抵減時，請依109年11月2日修正公布之研發投抵辦法第14條「公司或有限合夥事業從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目相關文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第2條至第4條規定。
公司所領取的補助款應列入「其他收入」並課徵營利事業所得稅。
依據財政部88/3/16台財稅第881905078號函，依「促進企業開發產業技術辦法」，該辦法所補助之計畫，除契約另有約定外，其研發成果歸受補助者所有。故民營事業依上開辦法規定向政府請領研發計畫補助款，如其研究成果全部歸受補助者所有，則該項補助款尚非屬因銷售勞務而取得，不屬於營業稅課稅範圍，可免開立統一發票；至其研究成果如約定歸補助單位所有或雙方共同擁有者，則該項補助款核屬銷售勞務而取得之代價，仍應依規定開立統一發票並報繳營業稅。故廠商向政府領取之該項補助款，非因銷售貨物或勞務而取得，非屬營業稅課稅範圍。依據「經濟部協助產業創新活動補助及輔導辦法」第20條規範，凡依本辦法所補助計畫，其研發成果歸受補助人所有，故廠商所取得之補助款不屬營業稅課稅範圍，可免開立統一發票及免徵營業稅。(補助計畫之依據現已由「促進企業開發產業技術辦法」修定為「經濟部促進企業研究發展補助辦法」)
依據財政部91/6/26台財稅第0910453835號函，民營事業依據行政院核定之「促進企業開發產業技術辦法」向政府請領研發補助款，如其研究成果全部歸受補助者所有，則該項補助款尚非屬因銷售勞務而取得，不屬於營業稅課稅範圍，可免開立統一發票；至其研究成果如約定歸補助單位所有或雙方共同擁有者，則該項補助款核屬銷售勞務而取得之代價，仍應依規定開立統一發票並報繳營業稅，前經財政部88.3.16台財稅第881905078號函覆在案。本案如係多家公司共同執行研發計畫，其研究成果如由共同執行公司擁有，則受補助之共同執行公司所領取之補助款，核非屬營業稅課稅範圍，可免開立統一發票。
依據「計畫管理作業手冊」規範，補助款係先撥入主導廠商再由其轉撥，在帳務上屬於代收代付，依據財政部95.6.29台財稅字第09500189620號函，補助計畫聯合申請案主導企業取得之補助款，如屬代收代付性質者，於轉付其他共同申請企業時免予扣繳，惟應轉開免扣繳憑單。
依據財政部95.6.29台財稅字第09500189620號函，受補助企業繳回剩餘補助款時，原撥付或代為撥付款項單位尚無更正原已摯發之免扣繳憑單金額問題。
若專戶產生利息收入100元，銀行代扣稅款10元，公司將100元利息收入繳還經濟部，會計分錄如下。
1.產生利息收入100元，銀行代扣稅款10元
借：銀行存款 90
預付稅款 10
貸：利息收入 100
借：利息費用 100
貸：應付費用 100
2.公司開立100元支票將利息收入繳還計畫管理單位
借：應付費用 100
貸：應付票據 100
3.假設公司當年度結算後無所得，預付稅款10元可申請退回
借：應收退稅款 10
貸：預付稅款 10
(銀行所代扣的稅款於年底時會開立扣繳憑單給公司)
1.產生利息收入100元，銀行代扣稅款10元
借：銀行存款 90
預付稅款 10
貸：利息收入 100
借：利息費用 100
貸：應付費用 100
2.公司開立100元支票將利息收入繳還計畫管理單位
借：應付費用 100
貸：應付票據 100
3.假設公司當年度結算後無所得，預付稅款10元可申請退回
借：應收退稅款 10
貸：預付稅款 10
(銀行所代扣的稅款於年底時會開立扣繳憑單給公司)
•参與本計畫工時統計表
•創新或研發人員之人事費明細表
•顧問、專家費明細表
•消耗性器材或原材料費明細表
•創新或研究發展設備之使用費明細表
•創新或研究發展設備之維護費明細表
•無形資產之引進、委託研究或驗證費
•差旅費明細表
•經費彙總表及補助款、自籌款分攤計算表
•消耗性器材或原材料實際用量明細表及計畫預定用量比較表(參考表)
•設備使用記錄表(參考表)
•創新或研發人員之人事費明細表
•顧問、專家費明細表
•消耗性器材或原材料費明細表
•創新或研究發展設備之使用費明細表
•創新或研究發展設備之維護費明細表
•無形資產之引進、委託研究或驗證費
•差旅費明細表
•經費彙總表及補助款、自籌款分攤計算表
•消耗性器材或原材料實際用量明細表及計畫預定用量比較表(參考表)
•設備使用記錄表(參考表)
每個月經費彙總表及補助款、自籌款分攤計算表所結算出之本月實支數分配數，即為應填入工作報告中各月經費累計表中補助與自籌款之金額。
不需要更正前已報備之工作報告及月報，亦不需將調減數調整入帳。
不需重編1-5月會計月報，只需要在6月編製經費彙總表時，在本年度預算數(變更後預算數)的欄位鍵入變更後之預算數，月報表所設定之電腦公式會自動調整當期帳列數，使累計帳列補助款及自籌款符合變更後預算所應計算之結果。
1.列報於計畫內之創新或研究發展人員應為公司之人員且必須與計畫書所編投入計畫人員相符。
2.如有人員更替及待聘人員之聘用，應於工作報告中報備。
3.計畫主持人變更應經核准。
4.非經變更同意，實際人月數超過當年度預算人月不予認列。
5.所列之創新或研究發展人員需為公司實際支薪之人員，不得為關係企業之人員或派遣人力公司人員。
6.新增或異動人員其學經歷背景與擔任本研究計畫工作無不合理情形。
7.有關創新或研究發展人員薪資之編列原則、查核準則及應備憑證，請詳見會計編列原則與查核準則。
2.如有人員更替及待聘人員之聘用，應於工作報告中報備。
3.計畫主持人變更應經核准。
4.非經變更同意，實際人月數超過當年度預算人月不予認列。
5.所列之創新或研究發展人員需為公司實際支薪之人員，不得為關係企業之人員或派遣人力公司人員。
6.新增或異動人員其學經歷背景與擔任本研究計畫工作無不合理情形。
7.有關創新或研究發展人員薪資之編列原則、查核準則及應備憑證，請詳見會計編列原則與查核準則。